Zoals de soortenbescherming is geregeld in de Flora- en Faunawet, zo is de gebiedsbescherming geregeld in de Natuurbeschermingswet. De Natuurbeschermingswet (1998) regelt de bescherming van gebieden die in het kader van de Vogelrichtlijn en Habitatrichtlijn beschermd moeten worden.
Zoals de soortenbescherming is geregeld in de Flora- en Faunawet, zo is de gebiedsbescherming geregeld in de Natuurbeschermingswet (Nb wet). De Natuurbeschermingswet (1998) regelt de bescherming van gebieden die in het kader van de Vogelrichtlijn en Habitatrichtlijn beschermd moeten worden.

Er zijn 2 type natura2000 gebieden:
Daarnaast vallen ook de beschermde natuurmonumenten onder de natuurbeschermingswet. Bijna alle gebieden vallen onder de Ecologische Hoofdstructuur.
Voor alle gebieden worden er beheersplannen opgesteld. Hierin staat welke ecologische maatregelen nodig zijn om de instandhoudingsdoelen te bereiken en behouden, welke activiteiten niet vergunningplichtig zijn. Voor alle activiteiten in (en soms rondom) zo'n specifiek gebied die niet onder bestaand gebruik vallen, moet een Nb wet-vergunning worden aangevraagd of moet met een voortoets worden aangetoond dat er geen significant negatieve effecten zullen ontstaan.
Deze vergunningen voor deze gebieden moeten worden aangevraagd bij de provincie. De vergunningenhouders zijn of agrarische bedrijven of terreinbeheersorganisaties.
De Nederlandse agrarische sector draagt 52% bij aan de totale stikstofdepositie. De provincie stelt het N-beleidskader vast en geeft vergunningen af, zowel voor agrarisch als niet agrarische situaties. De provincie controleert de toegestane stikstof depositie bij de veehouderijen.